O Seminário de Planejamento Ecorregional da Caatinga, realizado pela The Nature Conservancy do Brasil em parceria com a Associação Plantas do Nordeste em 2000 propõe oito ecorregiões no bioma Caatinga.
- Complexo do Campo Maior: localizado quase integralmente no Piauí e sudoeste do Maranhão. Consiste nas regiões que sofrem inundações periódicas nas planícies sedimentares.
- Complexo do Ibiapaba-Araripe, composto pelas Chapadas da Ibiapaba e do Araripe.
- Depressão Sertaneja Setentrional, desde a fronteira norte de Pernambuco, estende-se pela maior parte dos Estados da Paraíba, Rio Grande do Norte e Ceará e prolonga-se até uma pequena faixa ao norte do Piauí. A principal característica desta ecorregião são as chuvas irregulares ao longo do ano. É a área mais seca da caatinga.
- Planalto da Borborema: abrange partes do Rio Grande do Norte, Paraíba, Pernambuco e Alagoas. O relevo movimentado e altitudes superiores delimitam a região.
- Depressão Sertaneja Meridional: corresponde à maior parte do bioma. Representa a paisagem típica do sertão nordestino. Distingue-se da Depressão Sertaneja Setentrional por apresentar maior regularidade de chuvas e maior ocorrência de corpos de água temporários.
- Dunas do São Francisco: localiza-se no centro-oeste do bioma. É caracterizado pelas dunas de areias quartzosas.
- Complexo da Chapada Diamantina: localiza-se no centro-sul do bioma e corresponde à parte mais alta da caatinga. É a região de menor temperatura. Apresenta ilhas de campos rupestres nas partes mais altas, cercadas de caatinga nas regiões mais baixas.
- Raso da Catarina: localiza-se no centro-leste do bioma. Caracteriza-se pela caatinga arbustiva de areia muito densa.
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